Rien de plus personnel que les idées qui nous traversent. Rien de plus insondable que le fonctionnement du cerveau….  Pensées secrètes se déroule dans une université, entre deux intellectuels que tout semble séparer. Lui, quinquagénaire adepte de siestes crapuleuses, est directeur du département de sciences cognitives. Entre physique quantique et intelligence artificielle, il fait l'inventaire de ses conquêtes. Elle, jeune veuve au sens moral perturbé par les avances du charmeur-chercheur, est invitée à l'université pour animer des ateliers d'écriture. Tous deux tiennent un journal et explorent leur fonctionnement cérébral et émotionnel. Lui prend pour objet d'étude le déballage de ses fantasmes croustillants. Elle couche sur son écran le vacillement de sa bonne conscience.