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Le film suit les enquêtes parallèles du commissaire Pierre Niémans (interprété par Jean Reno) et du lieutenant Max Kerkérian (interprété par Vincent Cassel) dans le cadre de meurtres et de mystères complexes. Le film est basé sur le roman du même nom de Jean-Christophe Grangé.

Le commissaire Niémans enquête sur le meurtre brutal d'un bibliothécaire universitaire, tandis que le lieutenant Kerkérian enquête sur une profanation de tombe et un cambriolage dans une école. Les deux enquêtes semblent distinctes au départ, mais des indices les rapprochent progressivement et révèlent un lien entre les deux affaires.