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Ce film historique se déroule dans la ville d'Alexandrie pendant la fin de l'Antiquité, et il explore les conflits entre les différentes factions religieuses et philosophiques de l'époque, ainsi que la vie et les travaux d'Hypatie, une philosophe et mathématicienne.

Le personnage d'Hypatie, interprété par Rachel Weisz, est au cœur de l'intrigue. Elle incarne l'érudition et la quête de savoir dans une période de bouleversements religieux et politiques. Le film dépeint également les tensions entre les chrétiens, les païens et les Juifs, ainsi que les luttes de pouvoir entre les différentes autorités religieuses et civiles de l'époque.