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Dans "Matrix Reloaded", l'intrigue se poursuit avec Neo, qui est à présent plus confiant dans ses pouvoirs et entretient une relation amoureuse avec Trinity. Pendant ce temps, la cité humaine de Sion se prépare à une imminente attaque massive de l'armée de sentinelles robotiques envoyées par les Machines pour éradiquer les humains.

Neo, Morpheus et Trinity continuent leur lutte contre la Matrice, où le programme Agent Smith a évolué en une menace encore plus puissante et incontrôlable. Dans le monde réel, Bane, un membre de l'équipage du Nebuchadnezzar, est possédé par Smith, créant ainsi un lien entre la Matrice et le monde réel.