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Le film débute après les événements du précédent opus, avec Eric Matthews piégé dans une salle de bains souterraine. Six mois plus tard, Kerry et Rigg découvrent les restes de Troy, victime d'un piège de Jigsaw. Les incohérences du piège laissent penser à un changement dans le modus operandi de Jigsaw. Kerry est piégée et meurt lors d'un test impliquant un bocal d'acide.

Le docteur Lynn Denlon est kidnappée et forcée de maintenir John Kramer en vie. Elle est liée à un collier relié au moniteur cardiaque de John. L'épreuve de Jeff, choisi pour sa quête de vengeance, consiste à pardonner aux responsables de la mort de son fils.