Dans les années 1960, en pleine Guerre froide, deux jeunes hommes découvrent leurs pouvoirs extraordinaires et se lient d’amitié : Charles Xavier, brillant généticien, et Erik Lehnsherr, survivant de traumatismes profonds. Ensemble, ils recrutent d’autres mutants afin d’empêcher un complot mondial susceptible de déclencher un conflit nucléaire. Mais des divergences idéologiques et personnelles vont peu à peu les opposer, posant les bases d’un affrontement durable. Ce film retrace la naissance des X-Men et l’origine de la rivalité entre le Professeur X et Magneto, mêlant action spectaculaire et enjeux humains.