Thomas se réveille sans aucun souvenir de son passé au milieu d’un groupe de garçons piégés dans une vaste clairière entourée d’un labyrinthe gigantesque et changeant. Chaque nuit, ses murs se déplacent, rendant toute tentative d’évasion périlleuse. Alors que le groupe tente de survivre selon des règles strictes, l’arrivée de Thomas bouleverse l’équilibre établi. Peu à peu, des indices sur le monde extérieur et sur une mystérieuse organisation émergent. Pour espérer retrouver la liberté, ils devront percer les secrets du labyrinthe et affronter les dangers qu’il renferme.