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Dans ce film, Shrek, fatigué de sa vie de famille et des responsabilités qui en découlent, fait un marché avec le nain fourbe Tracassin pour avoir un jour de liberté sans soucis. Cependant, il se retrouve piégé dans un univers alternatif où les ogres sont traqués et où Tracassin est devenu le roi tyrannique de Fort Fort Lointain. Shrek réalise qu'il a été trompé et doit trouver un moyen de renverser Tracassin et de rétablir l'équilibre dans son propre monde. Le film explore les thèmes de la quête d'identité, de la valeur de la famille et des conséquences de nos choix.